Управление ФИЦ ФТМ осуществляется его руководителем — Директором, который является постоянно действующим исполнительным и распорядительным органом Центра.
в настоящее время и.о. директора ФИЦ ФТМ — д.м.н., профессор РАН Артеменко Сергей Николаевич — director@frcftm.ru, отдельный веб-сайт не имеет.
| Наименование органа управления / структурного подразделения | ФИО руководителя структурного подразделения | Должность руководителя структурного подразделения | Адрес местонахождения структурного подразделения | Адрес официального сайта структурного подразделения | Адреса электронной почты структурного подразделения | Положение об органе управления/ о структурном подразделении |
| Ученый совет | Артеменко Сергей Николаевич | Председатель Ученого совета | 630117, г. Новосибирск, ул. Тимакова, д.2 | отдельный веб-сайт не имеет | director@frcftm.ru; evkoldysheva@frcftm.ru | Ссылка на копию |
| Отдел координации научной и образовательной деятельности | Молодых Ольга Павловна | Начальник отдела координации научной и образовательной деятельности | 630117, г. Новосибирск, ул. Тимакова, д.2 | отдельный веб-сайт не имеет | opmolodykh@frcftm.ru | Ссылка на копию |
| Учебно-методический центр | Овчинников Сергей Геннадьевич | Руководитель учебно-методического центра | 630117, г. Новосибирск, ул. Тимакова, д. 2 | отдельный веб-сайт не имеет | sgovchinnikov@frcftm.ru obrd@centercem.ru; |
Ссылка на копию |
| Библиотека | Паутова Людмила Юрьевна | Заведующий библиотекой | 630117, г. Новосибирск, ул. Тимакова, д. 2 | отдельный веб-сайт не имеет | lipautova@frcftm.ru | Ссылка на копию |